廣西師范大學數學與統計學院
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報告人：于婷 博士后（山東大學）
報告人簡介：于婷，山東大學數學與交叉科學研究中心博士后，2020年博士畢業于山東大學數學學院，師從李國君教授。自博士期間，一直從事生物信息學方向的研究，主要的研究領域為轉錄組與基因組組裝算法的設計，研究成果在Genome Research，Genome Biology，Bioinformatics等期刊發表。
報告摘要：近年來二代RNA-seq技術依賴于其通量高、成本低的優勢逐漸成為了研究轉錄組及其表達水平的主要手段。由于測序片段長度很短，必須經過有效組裝才能恢復出全長轉錄本的序列，而真核生物的轉錄過程中，由于可變剪接現象的存在，同一個基因可以產生多個不同的轉錄本，而可變剪接的模式也呈現出多樣化，這也是轉錄組拼接問題的難點所在。我們主要是利用圖論中的理論將轉錄組拼接問題模型化，并利用組合優化技術解決拼接過程中的難點與瓶頸。
我們提出來一種全新的基于參考基因組的組裝算法iPAC，有效地解決了拼接問題中的瓶頸，彌補了當前算法的缺陷。我們在多組數據集上測試了iPAC的表現，結果表明iPAC均能超越其他算法?；趇PAC算法，我們通過借用其他組裝算法的拼接結果，又提出了另一組裝算法TransBorrow，TransBorrow創造性地根據不同的拼接結果來構建一個全新定義的著色圖，并從該圖中提取可靠的拼接子路。通過在100余組真實數據上的測試，TransBorrow可達到一致最優。
報告時間：2020.12.27 19：30-20：30
報告地點：騰訊會議
會議ID ：393 974 809
會議連接：https://meeting.tencent.com/s/lCh3AyhK5LId
歡迎感興趣的老師和同學們參加！
